Habertürk'ten Bülent Aydemir'in haberine göre,terör örgütleri FETÖ ve PKK adına 9 Aralık 2016'da suç işlediği iddiasıyla tutuklanan Brunson hakkındaki iddianamede, Brunson'un din adamı görüntüsü altında terör örgütleri PKK ve FETÖ adına suç işlediği ve bu örgütlerin genel stratejileri kapsamında eylem birlikteliği içinde olduğu, bu örgütlerin amaçlarını bilerek ve isteyerek iş birliği yaptığı belirtilmişti.
Brunson'un FETÖ'nün üst düzey mensupları ile kod isimlerini bilerek görüştüğü, bu kapsamda örgütün sözde eski Ege Bölgesi imamı ve firari Bekir Baz ve onun yardımcısı Murat Safa ile hakkında "silahlı terör örgütü üyesi olmak" suçlamasından dava açılan tutuklu sanık Uluslararası Af Örgütü Türkiye Şubesi Başkanı Taner Kılıç ile görüşmeler yaparak strateji belirlediği iddia edilmişti.
İddianamede Brunson'un ABD'li bir askere gönderdiği 15 Temmuz darbe girişiminin başarısız olmasından üzüntü duyduğuna ilişkin mesaj içeriklerine yer verilmiş, cep telefonundaki "Türkleri sallayacak bazı olayları bekliyorduk. İsa'ya dönmek için gerekli koşullar oluştu. Darbe teşebbüsü bir şoktu. Birçok Türk geçmişte de olduğu gibi askeriyeye güvendi ancak bu sefer çok geçti. Ve darbe teşebbüsünden sonra bu başka bir sallama. Sanırım olaylar daha da kötüye gidecek. Sonunda biz kazanacağız." mesajı da dosyaya eklenmişti.
Brunson'un din adamı görüntüsü altındaki faaliyetlerinin din adamlığı ile bağdaşmadığının vurgulandığı iddianamede, yurt dışı ve yurt içinden kendisini ziyaret eden kişilerin emekli asker, özel harp subayı kanaatini uyandıran kişilerle PKK ya da FETÖ'nün üst düzey yöneticileri olduğu, bunun 2 gizli ve 5 açık tanık beyanı, çözümü yapılan dijital veri, belge, telefon görüşmesi ve baz istasyonu kayıtları gibi delillerden anlaşıldığı aktarılmıştı.
Teknik incelemede de sanık Brunson'un, görüşmediğini öne sürdüğü FETÖ'nün sözde Ege Bölge imamı firari sanık Bekir Baz ile birbirlerine çok yakın yerde 293 kez GSM sinyali de tespit edilmişti.